Nuevas variantes de Sars Cov 2 en Argentina

por | 19 Oct, 2021 | Variantes | 0 Comentarios

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Notificación de brotes – Ministerio de Salud de la Nación

Los brotes de cualquier etiología forman parte de los eventos de notificación obligatoria, la misma la realizan las áreas de epidemiología jurisdiccionales a la Dirección Nacional de Epidemiología a través del Formulario de Notificación de Brote Ante el riesgo.

En el contexto epidemiológico actual en Argentina, el Ministerio de Salud de Nación en conjunto con las autoridades jurisdiccionales, insta a los equipos de salud a fortalecer la investigación epidemiológica de brotes de COVID-19 e investigación de las variantes de SARS-CoV2 asociadas. A la fecha de redacción de este informe, 6 brotes de COVID-19 han sido informados por las Jurisdicciones.

Los virus cambian continuamente a través de mutaciones. Una variante tiene una o más mutaciones que la diferencian de otras variantes del virus en circulación. Estas mutaciones pueden presentarse en sitios determinantes y es así como surgen algunas variantes que son consideradas de interés, debido a la posibilidad de presentar diferencias en la transmisibilidad, prevalencia, severidad y el reconocimiento de anticuerpos.

Tanto a nivel mundial como en nuestro país, las mutaciones y variantes de SARS-CoV-2 se monitorean a través de la secuenciación del genoma viral. Para hablar de variantes de SARS-CoV-2 se recomienda el uso de las siguientes categorías: Variante de interés ó Variant of Interest (VOI), Variante prioritaria ó Variant of Concern (VOC) y Variantes bajo Monitoreo.

Variantes de interés (VOI): fenotípicamente se comporta diferente a una referencia o su genoma presenta mutaciones que llevan a cambios de aminoácidos asociados a cambios fenotípicos establecidos.

Variante prioritaria (VOC): es aquella en la a través de diferentes estrategias de análisis se demuestra que: a) está asociada con un aumento de transmisibilidad o empeoramiento de la situación epidemiológica en la región; b) está asociada a un aumento de virulencia o cambio en la presentación clínica; c) está asociada a una disminución en la efectividad de las medidas de control, los test diagnósticos, las vacunas o los tratamientos.

Variantes bajo Monitoreo: Es una variante con cambios genéticos que se sospecha que afecta las características del virus con algún indicio de que puede suponer un riesgo futuro, pero la evidencia del impacto fenotípico o epidemiológico no está clara actualmente, lo que requiere fortalecer el seguimiento y una reevaluación continua a la espera de nueva evidencia.

Actualmente hay 4 variantes clasificadas como prioritarias (VOC)

• Gamma: VOC 20J/501Y.V3 (linaje P.1, originalmente detectada en Manaos)

Alpha: VOC 20I/501.V1 (linaje B.1.1.7, originalmente detectada en Reino Unido)

• Beta: VOC 20H/501Y.V2 (linaje B.1.351, originalmente detectada en Sudáfrica)

• Delta: VOC 21A/478K.V1 (linaje B.1.617.2, originalmente detectada en India)

Por otra parte, a la fecha también existen 2 variantes clasificadas como de interés (VOI):

• Lambda: C.37

• Mu: B.1.621; B.1.621.1. Y otras 3 de los linajes

• Eta ( B.1.525)

• Iota (B.1.526)

• Kappa (B.1.617.1) previamente clasificadas como VOI, que fueron reclasificadas por OMS como Variantes bajo monitoreo.

Si bien estas últimas tres poseen mutaciones con impactos fenotípicos sospechados y/o establecidos, las detecciones informadas de estas variantes han disminuido con el tiempo a nivel mundial, nacional y regional y por lo tanto representan una disminución de los riesgos para la salud pública en relación con otras VOC y VOI. Sin embargo, se requiere un regular monitoreo para continuar evaluando su impacto.

Asimismo, los linajes Epsilon (B.1.427/ B.1.429), Theta (B.1.1.28.3, alias P.3) y Zeta (B.1.1.28.2, alias P.2) continúan siendo clasificados por OMS como Variantes bajo monitoreo.

El 30 de Agosto de 2021 el linaje B.1.621 fue designado por la OMS como VOI y recibió la denominación de variante “Mu” ya que tiene una constelación de mutaciones que indican propiedades potenciales de escape inmunológico.

Desde su primera identificación en Colombia en enero de 2021, ha habido algunos informes esporádicos de casos de la variante Mu y se han informado algunos brotes más grandes en otros países de América del Sur y Europa.

Aunque la prevalencia global de la variante Mu entre los casos secuenciados ha disminuido y actualmente se encuentra por debajo del 0,1%, la prevalencia en Colombia (39%) y Ecuador (13%) ha aumentado constantemente. Se requieren más estudios para comprender las características fenotípicas y clínicas de esta variante.

Respecto del linaje B.1.617.2, denominado Delta, identificado por primera vez en India en octubre del año 2020 y designado por la OMS como variante de preocupación (VOC) en mayo de 2021, se ha convertido en uno de los linajes prevalentes en dicho país con posterior expansión a otros países. A partir de Abril de 2021, se observa un aumento exponencial de los casos a nivel mundial. En Julio de 2021, se observó un predominio global de la VOC Delta en casi el 90% de las muestras secuenciadas a nivel mundial.

La variante Delta ha sido asociada a mayor transmisibilidad y mayor tasa de ataque secundario.

Un estudio realizado a partir de datos de vigilancia epidemiológica del Reino Unido, estimo una mayor tasa de ataque secundario para los contactos estrechos convivientes de casos ocasionados por la variante Delta en comparación con la VOC Alpha.

Otro estudio de un brote originado por la variante Delta en China observó una carga viral relativamente más alta en los casos de Delta que en aquellos infectados por el virus salvaje (SARS-CoV-2 wt) y un 73.9% de las transmisiones ocurrieron en periodo presintomático. Los casos índice sin vacunación o con una dosis de vacuna tuvieron mayor probabilidad de transmitir la infección a sus contactos que aquellos con esquema completo de vacunación.

INFORME VIGILANCIA GENÓMICA DE SARS-CoV-2 EN ARGENTINA

Desde el mes de enero del 2021 hasta el 27 de Septiembre, se han analizado 5977 muestras para la identificación de variantes de SARS-CoV-2, incluyendo la vigilancia en viajeros, en cuadros graves inusitados, personas vacunadas, casos sospechosos de reinfección y vigilancia regular de variantes circulantes.

VIGILANCIA GENÓMICA DE SARS COV-2 EN VIAJEROS INTERNACIONALES Y CASOS RELACIONADOS A LA IMPORTACIÓN

Se realizó la secuenciación genómica de 800 muestras de viajeros provenientes del exterior que ingresaron al país y que tuvieron resultados positivos o casos relacionados a la importación, desde el mes de enero hasta el 27/09.

En 137 casos se halló la variante de preocupación (VOC) Gamma (20J/501Y.V3, linaje P.1, originalmente detectada en Manaos) y en 69 casos Alpha (VOC 20I/501Y.V1, linaje B.1.1.7, originalmente detectada en Reino Unido). A la fecha, fue registrado un caso de la VOC Beta (linaje B.1.351, originalmente detectada en Sudáfrica) en un viajero proveniente de España.

Los viajeros en los que se aisló la variante Gamma (VOC 20J/501Y.V3, linaje P.1) ingresaron desde México, Brasil, Bolivia, Chile, Colombia, Paraguay, Uruguay, EE.UU e Italia.

Los viajeros en los que se aisló la variante Alpha (VOC 20I/501Y.V1, linaje B.1.1.7) ingresaron desde E.E.U.U, México, España, Francia, Bangladesh, Brasil, Panamá y Paraguay.

A la fecha de redacción de este informe, fueron identificados 462 casos de la variante prioritaria Delta, de los cuales 337 tienen antecedente de viaje internacional, mientras que 125 son casos relacionados a la importación.

Los viajeros en los que se aisló la variante Delta provenían de Estados Unidos, Francia, España, Holanda, Dinamarca, Serbia y Montenegro, Ucrania, Egipto, Paraguay, Uruguay, Bolivia, Brasil, Perú, Colombia, Venezuela, Panamá y México.

Entre los casos correspondientes a viajeros internacionales, más del 55% había resultado negativo al ingreso al país y se detectaron luego durante el período de aislamiento obligatorio en su domicilio posterior al viaje ya sea porque desarrollaron síntomas o porque realizaron la prueba diagnóstica obligatoria al séptimo día de control.

En cuanto a las variantes de interés, en 28 casos se aisló la VOI Lambda (linaje C.37, derivada de B.1.1.1) y en 12 casos la VOI Mu20 (9 de ellos con linaje B.1.621 y 3 casos con linaje B.1.621.1), esta última en viajeros provenientes de Colombia, Venezuela y México.

VIGILANCIA GENÓMICA DE SARS COV-2 EN PERSONAS SIN ANTECEDENTES DE VIAJE NOTIFICADAS AL SNVS.2.021

En lo que va del año a la fecha, se registraron al SNVS.2.0 5177 muestras analizadas por secuenciación genómica en personas sin antecedentes de viaje a destino internacional ni relacionados a la importación o en investigación. Se detectaron 99 casos de la variante Delta.

En relación al resto de las variantes, se detectaron 3236 casos que correspondieron a la VOC Gamma, 327 a la VOC Alpha y 1087 casos a la VOI Lambda; en 12 casos se aisló la VOI Mu; en 28 casos se aisló el linaje P.2 (20B/S.484K, originalmente detectado en Brasil), en 18 casos el linaje B.1.427 (21C/452R.V1, originalmente detectado en EE.UU) y en 11 casos el linaje B.1.526 (21F/253G.V1). Las restantes 359 muestras correspondieron a otras variantes no VOC y no VOI.

Las muestras analizadas provienen de todas las regiones del país estando la mayoría de las provincias representadas.

Del total de las muestras secuenciadas aproximadamente el 71% corresponden a variantes de preocupación, 21% a la VOI Lambda,0.23% a la VOI Mu, 1% a variantes bajo monitoreo y el resto corresponden a otras variantes no VOC ni VOI.

En las últimas tres semanas del periodo analizado, la proporción de variantes prioritarias por semana epidemiológica en casos secuenciados no viajeros y no relacionados a la importación o en investigación continúa siendo más de un 70% para Gamma mientras que la VOC Alpha continua en descenso. En cuanto a la VOC Delta, entre las semana 35 y 38 se observa un ascenso de 5% a alrededor de 13%. Respecto a la VOI Lambda (C.37) se observa un descenso de un 23% a 11% hacia la semana 38.

Características demográficas y clínicas de los casos secuenciados y registrados al evento Vigilancia Genómica del SNVS2.0 para el total país.

Entre la SE1-SE38, se han registrado al Evento de Vigilancia Genómica del SNVS.2.0 5177 muestras analizadas para identificación de variantes de SARS-CoV-2 incluyendo la vigilancia regular de variantes circulantes, cuadros graves inusitados, personas vacunadas y casos sospechosos de reinfección. Del total de muestras notificadas, 3662 (71%) se corresponden con variantes prioritarias (VOC) y 1515 (29%) son variantes no prioritarias (VOI y Otras variantes).

La mediana de edad para el total de los casos estudiados es de 41 años. En cuanto a la distribución por grupo de edad para el periodo analizado, se observa que tanto los casos en los que se detectaron variantes prioritarias como no prioritarias corresponden al grupo de 30-39 años en primer lugar y de 40-49 años en segundo lugar.

Respecto a la distribución por sexo de los casos secuenciados, se analizaron 2704 casos en mujeres y 2455 en hombres. Entre las mujeres, el 69.5% de casos pertenecen a variantes prioritarias y el 30.5% de los casos a variantes no prioritarias. Mientras que, en los hombres, en 1766 (72%) casos se detectan variantes prioritarias y en 689 (28%) casos variantes no prioritarias.

Al analizar la distribución de variantes prioritarias por grupo de edad y sexo, se observa que la frecuencia absoluta de VOC tanto en menores de 10 años como a partir de los 50 y hasta los 80 años, es superior en varones. Entre los 10-49 años y en mayores de 80 años, la distribución de variantes prioritarias es mayor entre las mujeres.

La detección de la variante Lambda presenta una frecuencia absoluta superior entre mujeres menores de 60 años mientras que entre los 60-69 años es algo mayor entre varones. A partir de los 70 años la distribución es aproximadamente homogénea en ambos sexos.

Respecto a la distribución de variantes no prioritarias, entre los 20-49 años la frecuencia absoluta es superior para mujeres mientras que en el resto de los grupos de edad es algo mayor para los varones.

Investigación de variantes prioritarias y no prioritarias en casos con antecedente de vacunación para SARS-CoV-2

En aquellas personas con esquema de vacunación completo, sobre un total de 1158 casos, un 64% corresponde a la variante Gamma, 5.3% a Alpha, 2% a Delta, 22% a Lambda, 0.2% a Mu, 1.6% a Variantes bajo monitoreo y un 5.2% a otras variantes no VOC y no VOI.

Del total de 2777 casos con caracterización genómica y antecedente de vacunación para SARS-CoV-2, se registraron al SNVS.2.0 226 fallecimientos, 27 casos en personas no inmunizadas, 134 en inmunizados y 65 casos con esquema completo de vacunación.

Situación de variante Delta en Argentina

Hasta el 27 de Septiembre de 2021, en Argentina, han sido identificados 561 casos de variante Delta de SARS-CoV-2 de las cuales 462 corresponden a casos importados o relacionados con la importación y 99 casos sin relación con la importación o en investigación.

Del total de los casos correspondientes a viajeros internacionales, más del 55% había resultado negativo al ingreso al país y se detectaron luego durante el período de aislamiento obligatorio en su domicilio posterior al viaje ya sea porque desarrollaron síntomas o porque realizaron la prueba diagnóstica obligatoria al séptimo día de control.

En relación a los casos de Delta sin antecedente de viaje y no relacionados con la importación o en investigación, se detectaron 41 casos con residencia en Ciudad de Buenos Aires, 15 de los cuales están vinculados a un brote institucional.

De los casos con variante Delta identificada 6 corresponden a personas fallecidas, 3 dentro del grupo de casos importados o relacionados con la importación y 3 sin antecedentes de viaje.

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