Una nueva variante del SARS-CoV-2, B1.1.529, Omicron o variante de Botswana (1), surgió en el sur de África, en la segunda semana de noviembre. El 27 de noviembre fue nombrada por la OMS como una variante de preocupación (VOC, Variant of Concern). Se utilizó el nombre Omicron, en lugar de las letras griegas que seguían en el alfabeto, Nu, por qué podría ser confundida con «New», y «Xi», un apellido muy común, para evitar posibles confusiones.
Acumula al menor una 50 mutaciones, 32 de ellas en la proteína S o de pico, y 15 en el sitio RBD, responsable de la unión del virus a la célula huésped humana. Comparte con las variantes Delta y Beta las mutaciones K417N y E384A, lo que le podría permitir evadir la respuesta inmune generada por las vacunas.
Tiene además las mutaciones N440K, presente en Delta, y S477N, presente en la variante de Nueva York, B.1.526, ambas relacionadas con el escape de anticuerpos. Las mutaciones P681H h N689K también la podrían hacer resistentes a las vacunas.
Muchos de estos cambios se asocian con una mayor infectividad o capacidad de diseminación, mayor capacidad de evadir la respuesta inmune y podrían relacionarse con una mayor virulencia. Una mayor tasa de reinfección, podría ser el patrón característico. Al día de hoy se detectaron casos en Hong Kong, Holanda, Bélgica, Reino Unido, Alemania, Italia, República Checa, Israel, entre otros (2).
El interrogante es si está nueva variante es una amenaza grave para la trayectoria de la pandemia, o no. Se publicó el 27 de noviembre en Science «La paciencia es crucial»: por qué no sabremos durante semanas lo peligrosa que es Omicron, dónde analizan la situación actual.
Los estudios de secuenciación la definen como la variante más alejada a la conocidas respecto al número y localización de las mutaciones, muchas de ellas qué podrían ser importantes para evadir la respuesta inmune o aumentar la transmisibilidad. El genoma tiene tantas mutaciones que las pruebas de PCR de rutina para el SARS-CoV-2 no detectaron el gen S, uno de los objetivos claves de la prueba (esto se vio antes con Alfa o cepa sudafricana).
Las muestras secuenciadas indican que ha reemplazado rápidamente a la variante sudafricana.
Probablemente el virus haya surgido a fines de septiembre o principios de octubre, lo que podría hacer suponer una propagación más lenta de lo pensado inicialmente.
Es muy preocupante el número de mutaciones acumuladas en torno al sitio de unión al receptor, RBD. En teoría, cuenta con todas las mutaciones que aumentan la transmisibilidad.
También cuenta con mutaciones que le podrían otorgar evasión a la respuesta inmune dada por vacunas. Podría ser esperable que se reduzca la efectividad de las vacunas, aunque no por completo.
Europa y muchos países del mundo, incluído la Argentina en un comunicado reciente se las autoridades sanitarias, han restringido los vuelos desde África, para poder así mitigar en impacto y la eventual transmisión.
Las pruebas de laboratorio y la evidencia del mundo real dirán en la próximas semanas la importancia de esta nueva variante de preocupación del SARS-CoV-2.
