¿Por qué es importante este hallazgo?
Luego de ser notificada por primera vez en Sudáfrica el 24 de noviembre de 2021, la variante Omicron llamó la atención por la gran cantidad de mutaciones acumuladas en la secuencia codificante (open reading frame, ORF) de la proteína de espiga (S).
La controversia acerca del origen de esta variante con diferencias tan significativas respecto a las registradas anteriormente está cuidadosamente documentada y profundizada en un trabajo desarrollado por científicos de Beijing, China, y publicado recientemente en Journal of Genetics and Genomics (1).
Se exploraron tres hipótesis:
- Circulación de Ómicron en población poco vigilada y sin secuenciación (“diseminación encriptada”)
- Evolución en un huésped crónicamente infectado (ej: inmunocomprometido) con adaptación a largo plazo “intra huésped”
- Acumulación de mutaciones en huésped no humano y posterior “salto” a nuestra especie
Se ha demostrado en estudios previos que las mutaciones de novo en virus ARN dependen en gran medida de mecanismos mutagénicos específicos del ambiente celular del huésped.
En el estudio citado se cotejó el patrón de las mutaciones identificadas acumuladas en la variante de Omicron con el de las variantes con documentada evolución en humanos, encontrando importantes diferencias. También se analizó comparativamente el espectro molecular de mutaciones en distintos huéspedes mamíferos y se investigó la posible coincidencia con patrones de mutaciones asociados a adaptación a distintos huéspedes.
Los principales resultados fueron:
- Sobrerrepresentación de mutaciones que sugieren fuerte selección positiva: no se hallaron estas mutaciones en las variantes que evolucionaron en huésped humano.
- El espectro molecular de mutaciones (específico del ambiente celular del huésped) en variante Omicron “pre brote” difiere considerablemente del observado en variantes de conocida evolución en humanos.
- Al caracterizar el espectro molecular de mutaciones de distintos coronavirus evolucionados en distintas especies se identificó a la variante Ómicron “pre brote” dentro del grupo de 95% de coincidencia con las variantes evolucionadas en roedores (mayoritariamente ratones).
- En el curso de la pandemia se han descubierto variantes cuyas mutaciones en la proteína S confieren afinidad con receptores en ratones (huésped de poca afinidad en reportes previos); al comparar estas variaciones con las halladas en la variante Ómicron “pre brote” se encontraron un número de coincidencias significativamente mayor que al comparar esta misma variante con otras evolucionadas en otros mamíferos distintos a roedores.
- Se demostró alta afinidad del dominio de unión a receptor (receptor binding domain, RBD) de la proteína S (variante Omicron “pre brote”) por el receptor ACE2 de ratones, afinidad no hallada en otras variantes
- El nivel de interacción alcanzado entre dicho RBD y el receptor ACE2 de ratones no fue demostrado en ninguna otra especie de mamíferos
Siendo el ser humano el mayor reservorio de virus SARS CoV 2 y dados su contacto frecuente con diversas especies y la capacidad del virus de “saltar” de una especie a otra, resulta importante extender la vigilancia genómica a especies de interacción frecuente con seres humanos para prevenir futuros brotes ocasionados por nuevas variantes.
