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Desentrañando la heterogeneidad del espectro autista: 4 subtipos genético-clínicos que podrían redefinir el diagnóstico

Publicado en Nature Genetics en julio de 2025, un grupo de investigadores del consorcio SPARK (Simons Foundation Powering Autism Research for Knowledge), en colaboración con Simons Simplex Collection (SSC), analizó más de 5.000 niños con diagnóstico de autismo. El estudio identificó 4 subtipos principales de trastorno del espectro autista (TEA) con perfiles clínicos y genéticos bien diferenciados. Lo resumimos en INFOMED.

Puntos Clave

  • El TEA afecta a 1 de cada 31 niños en EE. UU. y a 1 de cada 127 personas en el mundo.
  • La relación, niño:niña oscila entre 2:1 y 4:1, con probable subdiagnóstico en mujeres.
  • Entre los niños con TEA:
    30–40% presenta discapacidad intelectual.
    10% epilepsia.
    Hasta 25% problemas gastrointestinales.
  • El TEA es altamente heredable (80–90%), con un 10–30% de casos vinculados a mutaciones genéticas detectables.
  • Un estudio en Nature Genetics identificó 4 subtipos clínico-genéticos de TEA.
  • Cada subtipo se relaciona con momentos específicos del neurodesarrollo.
  • La heterogeneidad refleja programas de desarrollo distintos, más que variaciones en un continuo.
  • Los hallazgos impulsan la posibilidad de estratificación diagnóstica y terapéutica personalizada.
  • Los 4 subtipos identificados fueron:
    Clase A: déficits globales severos (lenguaje, cognición, adaptación).
    Clase B: déficits cognitivos moderados con retraso en el lenguaje.
    Clase C: cognición preservada con alteraciones sociales y conductuales.
    Clase D: cognición y lenguaje conservados con síntomas nucleares de TEA.
  • Cada subtipo mostró correlatos genéticos específicos: predominio de variantes de novo en la Clase A, variantes comunes acumulativas en la Clase B, variantes heredadas en genes sinápticos en la Clase C, y variantes comunes de bajo efecto en la Clase D.

El desafío de un espectro autista, cada vez más amplio

El trastorno del espectro autista (TEA) es un conjunto de condiciones del neurodesarrollo que se caracteriza por alteraciones en la comunicación social, la flexibilidad conductual y la presencia de patrones repetitivos de comportamiento.

La heterogeneidad clínica es una de sus marcas más notorias: algunos individuos presentan una discapacidad intelectual profunda y ausencia de lenguaje, mientras que otros alcanzan niveles cognitivos y lingüísticos dentro del rango esperado o superiores, pero con dificultades más o menos marcadas en la interacción social.

La prevalencia del autismo ha aumentado en forma sostenida en las últimas décadas, no necesariamente por un incremento real de casos, sino por un cambio en los criterios diagnósticos, mayor concientización, detección temprana y disponibilidad de recursos. Es decir, hay más por qué las definiciones son más amplias, los efectores de salud están más sensibilizados, y los pacientes y familiares, más informados.

Según datos del CDC de Estados Unidos (2022), aproximadamente 1 de cada 31 niños de 8 años (3.2%) cumple criterios diagnósticos de TEA, frente a 1 de cada 150 en el año 2000. En poco más de 2 décadas, el número de diagnósticos creció casi 5 veces.

A nivel global, un análisis del Global Burden of Disease (GBD) 2021 estimó que 1 de cada 127 personas vive dentro del espectro autista, lo que representa más de 61 millones de personas en el mundo.

En América, las cifras oscilan en torno al 3.1%, en Asia un 2.9%, y en Europa un 2%, con una variabilidad ligada a factores diagnósticos y culturales.

En Argentina, no existen estadísticas nacionales precisas, pero si se extrapolan las cifras del CDC, podrían estimarse 50.000 a 60.000 niños con algún grado de TEA.

La relación entre sexos históricamente se reportó como 4 niños por cada niña, aunque estudios más recientes sugieren un valor más cercano a 3:1 o incluso 2:1, en parte porque las niñas tienden a presentar un fenotipo clínico distinto, menos evidente y, por lo tanto, subdiagnosticado.

En cuanto a las comorbilidades de los niños con TEA:

  • 30- 40% presentan algún grado de discapacidad intelectual.
  • Casi 10% convive con epilepsia.
  • Hasta un 25% padece trastornos gastrointestinales crónicos.

La ansiedad, la depresión y el trastorno por déficit de atención con hiperactividad (TDAH) son también frecuentes.

Un nuevo estudio publicado en Nature Genetics

En este contexto, entender si el TEA es un continuo único o si puede descomponerse en subtipos biológicos definidos es una de las preguntas más relevantes para la práctica clínica y la investigación.

Un grupo de investigadores se propuso desandar el camino de la clínica a la genética, descomponiendo la heterogeneidad.

Para esto, analizaron una cohorte principal con más de 5.000 niños con diagnóstico de TEA de la cohorte SPARK (Estados Unidos).

Usaron además una cohorte de validación (Simons Simplex Collection, SSC), con miles de familias adicionales.

Usaron un modelo de mezcla (mixture model), una técnica capaz de detectar grupos latentes dentro de una población heterogénea, a partir de datos clínicos y genéticos combinados.

Las variables analizadas fueron:

  • Desarrollo cognitivo y motor.
  • Lenguaje (adquisición, nivel funcional, retrasos).
  • Conducta adaptativa y social.
  • Variantes genéticas comunes, de novo y heredadas.

Este enfoque permitió “descomponer” la heterogeneidad clínica del espectro en clases más homogéneas, y luego correlacionarlas con perfiles genéticos y temporales del neurodesarrollo.

Los resultados: ¿Qué encontraron en este estudio?

# Tenemos 4 subtipos de TEA

El análisis estadístico permitió identificar 4 clases principales de TEA, con diferencias clínicas y genéticas bien definidas:

1. Clase A. Déficits globales severos.

En esta población existe un compromiso profundo del lenguaje, la cognición y las habilidades adaptativas.

Hay una mayor carga de variantes de novo en genes asociados al neurodesarrollo.

Hay una evolución clínica con alta dependencia para las actividades de la vida diaria.

2. Clase B. Déficits cognitivos moderados con retraso en el lenguaje.

El retraso del lenguaje es significativo, pero con cierto grado de autonomía funcional.

Hay en este grupo un predominio de variantes genéticas comunes de riesgo, con un efecto acumulativo.

3. Clase C. Cognición preservada con alteraciones sociales y conductuales.

El rendimiento cognitivo cercano a lo esperado, con un lenguaje útil, pero con problemas sociales marcados.

Hay una asociación con variantes heredadas en genes reguladores de la sinapsis.

4. Clase D. Cognición y lenguaje conservados con síntomas nucleares de TEA

Los niños de este grupo tienen un desarrollo intelectual y lingüístico normal, pero con conductas repetitivas y dificultades específicas en la interacción social.

Hay una menor carga genética disruptiva, con predominio de variantes comunes de bajo efecto.

# Puntos fuertes del estudio

El modelo se entrenó con la cohorte SPARK y se replicó en la de SSC.

La correlación entre ambos conjuntos fue altísima (Pearson r = 0.927). Esto demuestra que la clasificación es estable, generalizable y estadísticamente robusta.

# El tiempo del desarrollo: cuándo ocurren las diferencias

El estudio también analizó la expresión génica a lo largo del desarrollo cerebral:

  • Los subtipos más severos (Clase A) se relacionan con procesos de neurogénesis temprana.
  • Los subtipos intermedios se asocian a alteraciones en etapas intermedias de sinaptogénesis.
  • Los subtipos más leves (Clase D) corresponden a cambios en procesos de maduración cortical más tardíos.

Esto indica que la variabilidad clínica del TEA no es solo “cuantitativa”, sino que refleja programas de desarrollo distintos, con ventanas temporales específicas.

Estos resultados pueden ayudar en distintos aspectos a la práctica clínica y a los efectos del sistema de salud y educativo:

1. Un diagnóstico más preciso.

Esta clasificación biológica podría mejorar la forma en que diagnosticamos TEA, superando el concepto único y difuso de “espectro”.

2. Un pronóstico estratificado.

Esta nueva clasificación puede ayudar a anticipar trayectorias de desarrollo y necesidades futuras.

3. Intervenciones personalizadas.

Distintos subtipos podrían responder de manera diferencial a terapias conductuales, psicoeducativas y eventualmente farmacológicas.

4. Una investigación genética integrada.

El modelo combina variantes de novo, heredadas y comunes en un marco coherente.

Las conclusiones: ¿qué nos deja este estudio?

El TEA puede dividirse en al menos 4 subtipos biológicos, con características clínicas y genéticas definidas.

Estos subtipos fueron validados en una cohorte independiente, con resultados consistentes.

La heterogeneidad clínica del autismo refleja distintos programas de desarrollo cerebral, más que variaciones dentro de un continuo único.

Los hallazgos abren la puerta a un futuro de medicina personalizada en el autismo.

Una de las principales limitaciones de este estilo fue que los datos provienen mayoritariamente de poblaciones estadounidenses y europeas: se necesitan estudios en Latinoamérica y otras regiones. Además, se requieren investigaciones longitudinales para evaluar la evolución de los subtipos a lo largo de la vida.

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